În anumite situații, tratamentul prescris necesită o concentrație sau o formă de administrare care nu este disponibilă într-un medicament standard. Prepararea magistrală permite realizarea unei formule adaptate prescripției și particularităților cazului.
Pentru amfotericina B, medicul poate prescrie, în cazuri selectate, o formulă magistrală pentru administrare locală, atunci când această opțiune este justificată. Prepararea se realizează în farmacie, cu respectarea concentrației prescrise și a cerințelor privind stabilitatea, compatibilitatea și siguranța formulei.